Sinds 1957 biedt het Sint-Jan officieel gymnasium aan. Er zijn enkele verschillen tussen atheneum en gymnasium. Dit zijn vakken zoals; Grieks, Latijn, de klassieke talen. Als je aan de leerweg begint volg je de eerste 3 jaar beide vakken. Wanneer je eindexamen gaat doen en behaalt beide vakken krijg je een gymnasium diploma.
Het gymnasium is voor mensen die een uitdaging aan willen aangaan tijdens hun schoolcarrire. Voor de klassieke talen heb je concentratie, nauwkeurigheid, doorzettingsvermogen en inzet nodig. De klassieke taalvakken hebben vele voordelen. Het zou je bijvoorbeeld kunnen helpen bij andere taalvakken zoals Frans, Nederlands en Duits.
De school biedt ook een Havo opleiding. Dit duurt vijf jaar. Na de Havo opleiding zou je het Hbo kunnen gaan doen. Leerlingen die Havo volgen krijgen anders les dan leerlingen die het vwo volgen. Op het Sint-Janscollege wordt hier veel aandacht aan besteedt. Deze leerlingen worden voorbereid om door te stromen naar het HBO. De leerlingen krijgen een les om voldoende vaardigheden op te doen en de juiste basiskennis op te doen om hun vervolgopleiding succesvol afteronden!