In 1992 werd El Wahda opgericht als de eerste islamitische basisschool in Limburg, oorspronkelijk gevestigd aan de Bruinkoolweg in Heksenberg met één directeur, drie leerkrachten en 45 leerlingen. Vijf jaar lang functioneerde dit als de schoollocatie. Later verhuisde de school naar het huidige gebouw aan de Voskuilenweg in de wijk Molenberg in Heerlen. Met de tijd meldden steeds meer leerlingen zich aan vanuit naburige dorpen en gemeenten, waardoor de school geleidelijk uitgroeide tot een regionale instelling. Bovendien had El Wahda een dependance in Maastricht, die later zelfstandig verderging als islamitische basisschool El Habib.